In der Küche wird normalerweise frisch geriebene Muskatnuss verwendet, da ihr Aroma leicht flüchtig ist. Das Gewürz wird in Kartoffelgerichten, Suppen und Eintöpfen, in Feingebäck und häufig auch in Fleischgerichten wie Frikadellen und Schweinebraten verwendet. Es eignet sich auch als Gewürz für Spinat, Blumenkohl, Rosenkohl, Kohlrabi, Rotkohl, Erbsen und Möhren sowie Pastinaken